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培養基在使用之前必須進行滅菌處理，通常來說使用最多的是壓力蒸汽滅菌法，但對于某些培養基（xld sc 等）來說，高壓條件會破壞培養基中的某些成分，因此只能采用加熱滅菌的方式進行處理。
一、固體培養基的加熱滅菌（以XLD培養基為例）
1.準確稱取200ml培養基的量11.4g,加入到裝有210ml去離子水（10ml為5%的水分損耗）的搪瓷缸中，用玻璃棒攪拌至無干粉完全溶解。
2.將搪瓷缸置于電磁爐上，一邊加熱，一邊攪拌，當液面完全沸騰后,立即將搪瓷缸從電磁爐上拿開，算是一次煮沸操作；液面??回落后，立即放回電磁爐，重復上面的步驟，總共煮沸4-6次即可。

二、液體培養基的加熱滅菌（以SC培養基為例）
液體培養基的稱量溶解過程都和固體加熱滅菌的操作方法一樣，不同的是在微波爐上加熱至微微沸騰后需迅速置于冰水中降溫，待其完全冷卻后分裝至無菌試管備用。
這是因為SC液體培養基中含有亞硒酸氫鈉，過分加熱會使其分解，導致培養基選擇性下降，影響實驗結果判斷，因此只能輕微加熱。
正常加熱滅菌的SC培養基，為淡黃色澄清透亮的液態??。過分加熱滅菌的SC培養基，為紅色液態，此時則不能使用。