水體污染治理是水產養殖中最為頭疼的難題之一。眾所周知，用物理的方法(如打撈)雖可清除部分污染物，但對氨氮、亞硝酸鹽等化學污染物以及禽畜糞便等的處理難以奏效。化學方法又易造成二次污染。近年來，能夠“吃”污的微生物控制污染技術逐漸受到重視，并在污水處理等領域得到廣泛應用。
微生物制劑對環境沒有危害，同時還能促進生物鏈的形成。集約化高密度養殖所產生的魚類排泄物以及未經處理的養殖廢水和工業廢水污染引起病害的面積在水產養殖中占總養殖面積的15％～20％，這些水體氨氮濃度升高，造成水體富營養化，反過來制約魚類生產。為減少氨氮污染帶來的危害，常用的加注新水、臭氧氧化等方法不僅有很大的局限性，脫氨效果并不理想，不能從根本上解決問題。因此，改善水產養殖水域環境已成為養殖業可持續發展的關鍵技術。
水產微生物制劑可迅速降解水體中的殘存飼料、魚類的糞便及其它有機物，特別是清除池塘水體底部，能有效避免固體有機物和有害物質的積累。這些藻類為主的浮游植物所產生的光合作用，又為池塘中的水產動物提供氧氣，從而形成池塘良性的生態循環。促使有益微生物的大量繁殖，在池塘內形成優勢種群，可抑制病原微生物的繁殖，減少疾病的發生。
目前國內有益微生物在水產的應用日益被重視，國內獨立開發的主要是一些單一菌株，如光合細菌、芽孢桿菌、蛭弧菌等；復合制劑主要是仿制或引進國外的商品。
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