食品微生物學一般不包括對糧食的檢測。由于細菌(包括放線菌和鏈霉菌)在數量上
遠大于真菌，糧食中的微生物種類差異特別顯著。在20~25℃培養時，細菌的數量通常比在37℃下培養的數量要多。何當谷物發酵時，不僅細茵數量增加，而且在37℃培養后的菌體數量與20〜25℃培養的菌體數量的比例也會增加。

微生物工作者最關心的是對真菌生長的程度的評估，因為真菌在糧食中的生長能造
成谷物的腐敗，另外真菌生長產生的代謝物也會產生嚴重的潛在危害。

紫色麥角菌（Claviceps purpurea）的毒性已眾所周知,許多文獻中對此已作過詳盡的??報道。簡單的感官檢驗方法很難檢測被麥角?菌污染的谷物(及污染后）的濃度，這些谷物被污染后慢慢變成了紫黑色的麥角菌硬粒。

包括青霉菌、曲霉菌、鐮刀菌及鏈格孢在內的大部分的真菌能夠產生大量的真菌毒素。這些真菌毒素?的化學結構很復雜，用微生物學方法或化學檢測法將食品中的所有產毒真菌或毒素全部檢測出來是很困難的。?但??某些真菌毒素對公眾健康影響極大，所以針對不同的毒素必須采用相應的特定方法。與谷物相關的毒素包括：

（1）赭曲毒素 由不同類型的青霉菌和曲霉菌產生的，曾引發了中歐巴爾千半島地方流行性腎炎。

（2）單端孢霉毒素 主要由鐮刀菌產生，引發了俄羅斯的貪物中毒性血小板減少癥，此病又在中國和印度再次發生。

（3）鐮刀菌素 由鐮刀菌和鏈格孢產生，可引起食道癌。

Miller和 Trenholm在報道中提到糧食中的真菌毒素(除黃曲霉毒素外)主要是由曲霉菌、青霉菌和鏈格孢產生的。世界健康組織（IPCS. 1990）在《化學安全國際綱要》中也報道了赭曲霉素、單端孢霉毒素和麥角菌的檢測分析程序。

顯然，按照前文的概念只檢測面粉和糧食上的霉菌總數并不能得到糧食中真菌毒素的相關信息，因為平板上的霉菌菌落可能是由孢子或大小不一的菌絲片段所形成。檢查黃曲霉毒素等特定的毒素時會用到化學領域的檢測或評估方法。要評估未知的真菌毒素的危害性，就必須檢?測活菌體的數量〔如用改良的霍華德霉菌計數法〕。所有以顯微鏡計數法為基礎的標準都具有?一定的主觀性和經驗性。特別應該強調的是，食品中存在已知的產毒真菌并不能就說明食品本身有毒素存在。這是因為：①一個菌種的毒性基因會因菌株的傳代而發生變異；②毒素的產生依賴于酶的催化和環境溫度和pH的影響。現在已經了解到面粉和谷物（以及其他食品）中的毒素主要是由真菌產生的。所以建議所有經霍華德霉菌計數法檢測的樣品，只要其陽性視野率達到20%，就應檢測食品中的真菌毒素。

很明顯，要想有效的解決面粉、谷物中的真菌毒素問題，必須對從農場到消費者的各個環節實施危害分析和關鍵控制點（HACCP）程序，以防止真菌的產生。這個質量管理方面的觀點是由Kuiper-Goodman(1994)提出的。

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