細菌對環境，人類和動物既有用處又有危害。一些細菌成為病??原體，導致了破傷風、傷寒、肺炎、梅毒、霍亂和肺結核、淋病、炭疽病、鼠疫、砂眼等??。在人類歷史上，由細菌引起的傳染病曾奪去無數人的生命。在植物中，細菌導致葉斑病、火疫病和萎蔫。感染方式包括接觸、空氣傳播、食物、水和帶菌微生物。

細菌通常與酵母菌及其他種類的真菌一起用于酦酵食物，例如在醋的傳統制造過程中，就是利用空氣中的醋酸菌（Acetobacter??）使酒轉變成醋。其他利用細菌制造的食品還有奶酪、泡菜、醬油、醋、酒、優格等。細菌也能夠分泌多種抗生素，例??如鏈霉素即是由鏈霉菌（Steptomyces）所分泌的。

細菌能降解多種有機化合物的能力也常被用來清除污染，稱做生物復育（bioremediation）。舉例來說，科學家利用嗜甲烷菌（methanotrop??h）來分解美國佐治亞州的三氯乙烯和四氯乙烯污染。

細菌也是生物學的重要實驗材料，科學家曾用肺炎球菌發現并證實DNA是遺傳物質。隨著遺傳?工程的興起，科學家已獲得?了能產生胰島素等的大腸桿菌和對烴類有很強分解能力的假單胞菌的新菌株。

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