在各種水體，特別是污染水體中存在有大量的有機物質，適于各種微生物的生長，因此水體是僅次于土壤的第二種微生物天然培養基。水體中的微生物主要來源于土壤，以及人類的動物的排泄物及污染。水體中微生物的數量和種類受各種環境條件的制約。 
  一般認為，水中微生物以革蘭氏陰性桿菌占有較大優勢。與其他水體相比，河水及溪水中革蘭氏陽性菌相對較多，這是因為陸地微生物沖洗污染的緣故。 

水體中的致病性微生物一般并不是水中原有微生物，大部分是從外界環境污染而來，特別是人和其它溫血動物的糞便污染。水中常見的致病性細菌主要包括：志賀氏菌、沙門氏菌、大腸桿菌、小腸結炎耶爾森氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌等。 
  在實際控制中，對水質衛生質量的評價和控制，是無法對各種可能存在的致病微生物一一進行檢測，而一般利用對指示菌的檢測和控制，來了解水體是否受到過人畜糞便的污染，是否有腸道病原微生物存在的可能，從而評價水的質量，以保證水質的衛生安全。 
  目前，世界各國一般認為大腸菌群是指示水質受糞便污染較好的指示菌。 
  我國水質控制也采用大腸菌群作為指示菌，GB5749-85《中華人民共和國國家標準 生活飲用水衛生標準》規定，生活飲用水中大腸菌群每升不得超過3個。 
  在某些情況下，水體中的細菌總數也可指示水體受糞便等污染物污染的情況。這里的細菌總數其實是指營養瓊脂培養后形成的菌落總數。目前世界各國對于控制飲用水的衛生質量，除采用大腸菌群等指標外，一般還采用細菌總數這個指標。我國GB5749-85《中華人民共和國國家標準 生活飲用水衛生標準》中規定生活飲用水細菌總數每毫升不得超過100個。

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