正常菌群：生活在健康動物各部位，數量大、種類較穩定且一般是有益無害的微生物，稱為正常菌群。
正常菌群與人體的關系：一般能維持平衡，菌群內部的各種微生物之間，也是相互制約而維持相對穩定。
變化情況：正常菌群是相對的、可變的、有條件的。
Ø機體防御機能減弱時，一部分正常菌群會成為病原微生物；
Ø正常菌群在非正常部位時也可引起疾病；
Ø由于外界因素的影響，破壞了各種微生物之間的相互制約關系，正常菌群也會引起疾病（菌群失調癥）。
其它生物體
Ø無菌動物（germ-free animal）：體內外檢查不到任何正常菌群的動物
Ø悉生生物（gnotobiotics）：已經人為接種某已知純種微生物的無菌動物
Ø根際微生物（rhizosphere microorganism）：植物根系經常向周圍土壤分泌各種外滲物質，故根際有大量微生物活動。種類組成受植物的種類和植物發育階段影響。作用是改善植物營養、分泌生長刺激素及抗生素等；有時也有害，與植物爭奪N、P等營養、分泌毒素等。
Ø附生微生物（epibiotic microbe）：指生活在植物體表面，主要借其外滲物質或分泌物質為營養的微生物。葉面微生物是主要的附生微生物。
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