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去毒方法很多，不外乎物理去毒法和化學去毒法。例如含有黃曲霉的花生和含有嘔吐毒素的小麥和玉米都較輕，可以用浮選方法去除部分含毒的糧食顆粒。結合肉眼和儀器檢查和剔除，幾乎可以除去99％含有黃曲霉毒素的花生。
化學方法中用氨處理黃曲霉毒素污染的玉米、花生和棉籽最為有效。經過這種方法處理的玉米等不僅營養價值不受損失，幾乎黃曲霉毒素均被破壞，動物試驗也發現無毒性。有些國家已采用此方法去毒。臭氧、氯氣、亞硫酸等雖亦有效，但不及氨法去毒效果好。
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