藍細菌通過無性方式繁殖。單細胞類群以裂殖方式繁殖，包括二分裂或多分裂。絲狀體類群可通過單平面或多平面的裂殖方式加長絲狀體，還常通過鏈絲段繁殖。少數類群以內孢子方式繁殖。在干燥、低溫和長期黑暗等條件下，可形成休眠狀態的靜息孢子，當在適宜條件下可繼續生長。藍細菌主要以二分裂或多分裂方式進行繁殖，少數藍細菌可形成孢子，孢子壁厚，能抵抗不良環境。由成串細胞連成絲狀的藍細菌，在細胞鏈斷裂時形成的片段，稱之為鏈絲段，具有繁殖功能。

 

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