細菌的新陳代謝都是在各種不同酶的催化下進行的，由于不同細菌的酶系統不同，其對營養物質的分解能力亦有差異，代謝產物亦不相同。故可利用生化反應的方法，測定細菌的各種代謝產物，借以區別和鑒定細菌。
一、單糖發酵試驗
不同細菌具有發酵不同糖類的酶，因而分解糖類的能力各不相同。有的能分解某些糖產酸，有的則既能產酸又能產氣,有的則不能分解,據此可以鑒別細菌。常用的糖（醇）有葡萄糖、乳糖、麥芽糖、甘露醇、蔗糖等。
【材料】
1、菌種：大腸桿菌、傷寒桿菌18－24小時瓊脂斜面培養物。
2、培養基：乳糖、葡萄糖液體發酵管。
【方法】
1、將大腸桿菌、傷寒桿菌分別以穿刺法接種于乳糖及葡萄糖發酵管中，經37℃孵育18－24小時后觀察結果。 2、如細菌生長，則培養基變混濁；糖是否被分解，根據以下現象判定：
（1）指示劑仍為紫色不變，表示細菌不分解該糖，用“－”表示；
（2）指示劑由紫變黃，無氣體產生，表示細菌分解該糖，產酸不產氣，用“+”表示；
（3）指示劑由紫變黃，并有氣體產生，表示細菌分解該糖，產酸又產氣，用“⊕”表示。
注：液體單糖發酵管是在無糖肉湯或蛋白胨水中加入1％糖類，指示劑常用溴甲酚紫，pH感應界為5.6-6.6，色調由黃→紫。
【結果】 葡萄糖 乳糖
大腸桿菌 ⊕ ⊕
傷寒桿菌 ＋ －
二、吲哚（靛基質）試驗
某些細菌具有色氨酸酶，能分解蛋白胨中的色氨酸而生成吲哚（靛基質）。吲哚本身無色，不能直接觀察，如與吲哚試劑中的對二甲基氨基苯甲醛作用，形成紅色的玫瑰吲哚，即為吲哚試驗陽性。本試驗常用于鑒別某些腸道桿菌。
【材料】
1、菌種：大腸桿菌、產氣桿菌瓊脂斜面18－24小時培養物。
2、培養基：蛋白胨水培養基。
3、吲哚試劑。
【方法】
1、分別接種大腸桿菌、產氣桿菌于2支蛋白胨水培養基中。
2、37℃孵育24－48小時后取出，沿管壁加入2－3滴吲哚試劑于液面上，振搖試管使試劑與培養液混合，然后靜置數分種，觀看是否變色。陽性者可見上層試劑呈玫瑰紅色，仍呈黃色者為陰性。
【結果】 大腸桿菌 +， 產生桿菌 -
三、硫化氫試驗：
某些細菌能分解培養基中的含硫氨基酸（如胱氨酸、半胱氨酸）生成H2So 產生的H２S遇培養基中的鉛或鐵離子，則形成黑褐色的硫化鉛或硫化鐵沉淀，黑褐色沉淀物越多，表示生成的H２S量越多，因此可間接地檢測細菌是否產生H_２S。
【材料】
1、菌種：大腸桿菌、變形桿菌18－24小時斜面培養物。
2、培養基：醋酸鉛培養基。
【方法】
1、分別穿刺接種大腸桿菌、變形桿菌于2支醋酸鉛培養基內。
2、37℃孵育24小時后觀察，穿刺部位呈黑褐色者為陽性，不變顏色者為陰性。
【結果】大腸桿菌 -，變形桿菌 +
四、尿素酶試驗
某些細菌如變形桿菌具有尿素酶，因此，在含有尿素的培養基中，能分解尿素產生氨，使培養基變堿，此時培養基中的酚紅指示劑顯紅色，借此可鑒別細菌。
【材料】
1、菌種：大腸桿菌、變形桿菌的18～24小時斜面培養物。
2、培養基：尿素培養基。
【方法】
1、分別將大腸桿菌、變形桿菌接種于兩支尿素培養基上。
2、37℃孵育24小時觀察結果，尿素培養基變紅色者為陽性，顏色不變為陰性。
【結果】大腸桿菌 -，變形桿菌 +
五、細菌色素的產生：
【材料】普通瓊脂平板，綠膿桿菌，金黃色葡萄球菌
【方法】將綠膿桿菌，金黃色葡萄球菌分別接種于普通瓊脂平板上，經37℃24小時孵育后，觀察結果。
注意菌落顏色及周圍培養基的顏色。

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