水體是人類賴以生存的重要環境。地球表面有 71% 為海洋，貯存了地球上 97% 的水。 其余 2% 的水貯于冰川與兩極， 0.009% 存于湖泊中， 0.00009% 存于河流，還有少量存于地下水。凡有水的地方都會有微生物存在。水體微生物主要來自土壤、空氣、動植物殘體及分泌排泄物、工業生產廢物廢水及市政生活污水等。許多土壤微生物在??水體中也可見到。水中溶有或懸浮著各種無機和有機物質，可供微生物生命活動之需。但由于各水體中所含的有機物和無機物種類和數量以及酸堿度、滲透壓、溫度等的差異，各水域中發育的微生物種類和數量各不相同。  

根據水體微生物的生態特點，可將水域中的微生物分為兩類。一是 清水型水生微生物 ，主要是那些能生長于含有機物質不豐富的清水中的化能自養型或光能自養型微生物。 如硫細菌、鐵細菌、衣細菌等，還有藍細菌、綠硫細菌、紫細菌等，它們僅從水域中獲取無機物質或少??量有機物質作為營養。清水型微生物發育量一般不大。二是 腐生型水生微生物 ，腐敗的有機?殘體、動物和人類排泄物，生活污水和工業有機廢物廢水大量進入水體，隨著這些廢物廢水進入水體的微生物利用這些有機廢物廢??水作為營養而大量發育繁殖，引起水質腐敗。隨著有機物質被礦化為無機態后，水被凈化變清 。這?類微生物以不生芽孢和革蘭氏陰性桿菌為多，如變形桿?菌、大腸桿菌、產氣桿菌、產堿桿菌以及芽孢桿菌、弧菌和螺菌等，原生動物有纖毛蟲類、鞭毛蟲類和根足蟲類。水域也常成為人類和動植物病原微生物的重要傳播途徑。 

各類水體中的微生物種類、數量和分布特征很不一樣。大氣水和雨雪中僅為空氣塵埃所攜帶的微生物所污染，一般微生物數量不高，尤其在長時間降雨過程的后期，菌數較少甚至可達無菌狀態。高山積雪中也很少。種類主要有各種球菌、桿菌和放線菌、真菌的孢子。在流動的江河流水中微生物區系的特點與流經接觸的土壤和是否流經城市密切相關。土壤中的微生物隨雨水沖刷、灌水排放和隨??刮風等進入河水，或懸浮于水中，或附著于水中有機物上，或沉積于江河淤泥中。河流經城市時可由于大量的城市污??水廢物進入河流而有大量的微生物進入河水，因此城市下游河水中的微生物無論在數量上還是在種類上都要比上游河水中的豐富得多。河水中藻類、細菌和原生動物等都有存在。池塘水一般由于靠近村舍，有機物進入量較豐富，且受人畜糞便污染，因此往往有大量腐生性細菌、藻類、原生動物生存和繁殖。在水體表層常有好氧性細菌生長和單細胞或絲狀 藻類繁殖，而在下層和底泥層則常有厭氧性或兼性厭氧性細菌分布。在湖泊中的微生物分布與池塘?中的相類似。但在大型湖泊中，由于水體的不流動性和污染物分布的不均勻性，微生物的分布在各部分水體中有所差異。一般來說沿岸水域中的微生物要比湖泊中心水域中的微生物豐富得多，其活性也高。地下水一般無有機物污染而很少有甚至無微生物生長繁殖。��  

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