根際微生物：存在于植物根際（根系存在的范圍）的微生物由于受到植物根系分泌物（糖類、氨基酸和維生素等）和根系死亡脫落物（碳水化合物）的影響，植物根際的微生物數量較跟際外高，但種類較單一，且在不同的植物根際微生物的種類會發生變化。根際微生物的存在，對植物有益。主要表現在：改善了植物的營養條件；分泌植物生長刺激物質；分泌抗生素類物質；有時根際微生物對植物也會產生有害的影響。
附生微生物：生活在植物體表面，借其外滲物質或分泌物質為營養的微生物，如葉面微生物、漿果表面微生物。
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