大氣中沒有可為微生物直接利用的營養物質和足夠的水分，這種環境不適合微生物的生長繁殖。大氣中沒有固定的微生物種類。但由于微生物能產生各種休眠體以適應不良環境，有些微生物可以在大氣中存在一段相當長的時間而不至死亡。所以，在大氣中仍能找到多種微生物。大氣中的微生物來源于土壤、水體和其他微生物源。進入大氣的土壤塵粒，水面吹來的小水滴，污水處理廠曝氣產生的氣溶膠，人和動物體表的干燥脫落物，呼吸道呼出的氣體都是大氣微生物的來源。主要種類是霉菌和細菌，霉菌常見種類是曲霉、木霉、青霉、毛霉、白地霉和色串孢(Torulasp)等。細菌有球菌、桿菌和一些病原菌。微生物在大氣中的分布很不均勻，所含數量取決于所處環境和飛揚的塵埃量(表1)。 

 

 

表1 不同地點大氣中的微生物數量 

 

 

 

       水生生境主要包括湖泊、池塘、溪流、河流、港灣和海洋。水體中微生物的數量和分布主要受到營養物水平、溫度、光照、溶解氧、鹽分等因素的影響。含有較多營養物或受生活污水、工業有機污水污染的水體有相應多量的細菌，如港灣(河流入海口)具有較高的營養水平，其水體中也有較高的微生物數。在水體中，特別是在低營養濃度水體中，微生物傾向于生長在固體的表面和顆粒物上，它們要比懸浮和隨水流動的微生物能吸收利用更多的營養物，常常有附著器和吸盤，這有助于附著在各種表面上。微生物在較深水體(如湖泊)中具有垂直層次分布的特點。在光線充足好氧的沿岸帶(littoral zone)、淺水區(limnetic zone)分布著大量光合藻類和好氧微生物，如假單胞菌、噬纖維菌、柄細菌、生絲微菌等。深水區(profundal zone)位于光補償水平面以下，光線少、溶解氧低，可見紫色和綠色硫細菌及其他兼性厭氧菌。湖底區(benthic zone)是厭氧的沉積物，分布著大量厭氧微生物，主要有脫硫弧菌、甲烷菌、芽泡桿菌、梭菌等

 

 

 

       陸生生境的主要載體是土壤。土壤是固體無機物(巖石和礦物質)、有機物、水、空氣和生物組成的復合物。溶解在土壤水中的有機和無機組分可被微生物所利用，土壤是微生物的合適生境。

       土壤微生物種類齊全、數量多、代謝潛力巨大，是主要的微生物源(表ll—1)。但一般來說微生物處于饑餓狀態，繁殖速率極低，當可用的營養物被加到土壤中，微生物數量和它們的代謝活性迅速增加直到營養物被消耗，而后微生物活性回復到較低的基線水平。    

 

典型花園土壤不同深度每克土壤的微生物菌落數/CFU

 

*絲狀細菌

土壤微生物的數量和分布主要受到營養物、含水量、氧、溫度、pH等因子的影響，集中分布于土壤表層和土壤顆粒表面。另外土壤具有高度的異質性，在它內部包含有許多不同的微生境，因而甚至在微小土壤顆粒中也存在著不同的生理類群。