為了預防真菌毒素與植物性食品一同被攝入體內，必須采取下列預防措施：
1）盡可能生產低度污染的原材料（糧食、水果、堅果類、調味品）。要做到這一點，有效的方法是防止在田間的污染和貯藏期內的防潮，可以使用具有抗霉特性的作物品種，利用早熟的作物品種輪作，注意灌溉，正確的施肥，適時的收割，避免將作物留在田間過冬，避免作物被鳥類、昆蟲及機械損害等。
最近有試驗表明，如果把一些無害的真菌孢子散發在田間，使其繁殖，結果發現黃曲霉毒素在玉米的污染明顯降低。但是這還要用系統的大規模的反復試驗來驗證。科學家們想從控制霉菌的產毒基因上著手，希望能找出控制霉菌的基因，諸如抑制基因，然后加強其抑制作用；或者找出形成毒素的基因，然后除去此基因或用抗體的手段等使新生成的菌不產毒。這些研究已有一些完滿的結果。諸如：展青霉、黃曲霉毒素B1及單端烯族化合。
收獲后的清理和及時干燥至10％-13％水分以下，有時也可以加防霉劑。在貯藏時除保持干燥，還要保持倉庫清潔、預防老鼠的污染及通風良好。
2）將霉變的產品退貨或剔除，如在花生包裝或加工前除了先分出破損的花生，再在熒光燈下揀去有色素的籽粒。
3）采用減少含菌量的措施。要想完全除去糧食及飼料的霉菌毒素是不可能的，因此，唯一的方法是人類與動物避免攝人污染的糧食及飼料。嚴格檢查糧食中的毒素是關鍵的一步，為此開發了許多種靈敏有效的檢測方法。在這方面，不僅需要政府制定一些毒素的限量，而且需要食品及飼料工業作廣泛的自動管制，采用相應的技術手段使已含有的真菌毒素滅活。
4）用滅菌法殺滅中間產品或成品中的霉菌。
5）用恰當的分裝和包裝技術避免二次感染。
6）通過采用冷藏、冷凍、加防腐劑、降低水份等措施抑制未滅菌食品中真菌的生長。
為了預防動物性食品（肉、肉制品、牛奶和奶制品等）被污染，首先必須注意用不含真菌毒素的飼料飼養動物，生產那些必須用霉菌進行發酵催熟的肉制品時，必須注意選用不產生真菌毒素的菌種。在飼料中添加吸附劑而阻止霉菌毒素污染，在飼料中可阻止或降低黃曲霉、T—2、DON等毒素在動物體內的吸收。
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