1 最簡單的：用槍尖或者牙簽從平板或液體中沾少量菌（多了就會影響反應了，沾上點就夠了），直接加入到PCR體系中反應就行了，依靠變性溫度來破裂細菌釋放DNA。

2 其它方法：用槍尖或者牙簽沾少量菌，加入到沒有加酶的PCR反應體系中，沸水浴5min，冷卻后加入酶，開始反應，有些不容易加熱破裂的菌預先煮沸一下，可以釋放更多的DNA，有利于PCR反應。

3 用Chelex，一些實驗室做菌種鑒定的時候習慣用的方法：可以去除一部分雜質，降低PCR反應所受的干擾。

1) 5%-10%chelex 50μl(配法：5-10g chelex 加入100ml TE)+菌苔，在管壁適當研磨，震蕩混勻，短暫離心

2) 煮沸：細菌5min，放線菌10-15min

3) 冷卻至室溫，10000-12000rpm離心5-8min，取上清擴增

注：chelex方法適于細菌、放線菌，chelex提前在65攝氏度水浴中預熱，溶液有細小顆粒，吸取時槍尖最好先剪掉，否則不好吸。

 

這3個方法由簡到繁，效果當然是依次提高了。這樣的直接以細菌為模板進行PCR反應，特別是前兩種，適用于大量的篩選和驗證，由于加入了細菌本身的其他物質以及難免引入的培養基成分，可能會對PCR反應造成干擾，假陽性假陰性都是可能出現的，所以之后最好還要進一步驗證。chelex方法可以去除一定的雜質，干擾較小，但是畢竟也不如直接以DNA為模板效果好。實驗者可以根據自己的實際需要來選擇合適的方法。