凈水微生物主要有以下功能和特點：
1：去碳去氮
如芽孢桿菌、堿桿菌屬、假單胞菌、黃桿菌等復合菌有去除水中的碳、氮、磷系化合物的能力，并有轉化硫、鐵、汞、砷等有害物質的功能。
2：殺滅病毒
如枯草桿菌、綠膿桿菌具有分解病毒外殼酶的功能而殺滅病毒。
3：降解魚藥的毒性
如假單胞菌、節桿菌、放線菌、真菌有降解轉化殘留化學魚藥的功能。
4：絮凝作用
如芽孢桿菌、產氣桿菌、產堿桿菌、黃桿桿菌等有生物絮凝作用，可以將水體中的有機碎屑結合成絮狀體，使重金屬離子沉淀，很容易被過濾器截流而移出系統外，使水體清澈。
5：反硝化作用
如芽孢桿菌、短桿菌、假單胞菌都是好氧菌和兼性厭氧菌，以分子氧作最終電子載體，在供氧不充分的時間與空間，可以利用硝酸鹽為最終電子載體，起反硝化作用，將硝酸鹽移出系統外，提高PH值。
6：徹底凈化
這種復合菌能利用水中濃度極低的營養物質，在水中硝酸鹽、葡萄糖僅為1-10毫克/升時，這些水生細菌仍能利用和耗盡它，把氮和氨的濃度降至為0。
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