食品工業中常用的酵母菌有釀酒酵母、橢圓酵母、卡爾酵母和異常漢遜酵母四種。

　　釀酒酵母 大多呈橢圓形，長與寬之比為2∶1。對酒精有較大的耐力，能發酵葡萄糖、麥芽糖、半乳糖、蔗糖及1/3棉子糖,不能發酵乳糖和蜜二糖。不能同化硝酸鹽。常存在于酒曲、果皮、發酵的果汁以及果園的土壤中。是釀酒工業中最常用的菌，也是啤酒釀造中典型的上面發酵酵母；還可發酵制面包；它的轉化酶可以轉化糖，也可用于巧克力的制作。

　　橢圓酵母　細胞為卵圓形，其他生化特性與釀酒酵母相似，除能耐較高濃度的乙醇外，還能耐較高的葡萄汁酸度和較低濃度的二氧化硫，因而常用于葡萄酒的釀造。

　　卡爾酵母　是啤酒釀造中典型的底面酵母。它的形態與生化特性都與釀酒酵母相似，不同之處是它具有完全發酵棉子糖的能力。

　　異常漢遜酵母　細胞呈圓形、橢圓形或臘腸形。在特定條件下能生成發達的假菌絲。能發酵葡萄糖、蔗糖、麥芽糖、半乳糖、棉子糖；不能發酵蜜二糖和乳糖。能同化硝酸鹽，分解楊梅苷。由于能產生乙酸乙酯，因而在改善食品風味中能起一定作用。如白酒和無鹽發酵醬油的增香都可采用此菌。

　　霉菌　不是分類學上的名稱。它是絲狀真菌的統稱。凡在營養基質上長有菌絲體的真菌統稱為霉菌。它包括分類上很不同的許多真菌，如藻狀菌綱、子囊菌綱、擔子菌綱和半知菌綱。

　　食品工業中常用的霉菌有毛霉屬、根霉屬、曲霉屬和地霉屬4個屬。

　　毛霉屬　具有毛狀的外形，無假根和匍匐枝，菌絲無橫隔，孢子囊梗直接由菌絲體生出。繁殖方式可以由子囊孢子直接萌發，也可由接合孢子進行繁殖。毛霉能產生蛋白酶，因而有分解大豆的能力。中國在制作豆腐乳、豆豉時即利用毛霉分解蛋白質產生鮮味。某些種毛霉還具有較強的糖化力，能糖化淀粉。中國酒藥中的毛霉就屬此類。毛霉還可用于酒精和有機酸工業原料的糖化和發酵過程。

　　根霉屬　菌絲體產生匍匐枝，匍匐枝末端長有假根。這是與毛霉屬區別的主要形態特征。根霉具有很強的糖化酶活力，能使淀粉分解為糖，是釀酒工業常用的糖化菌。

　　曲霉屬　菌絲體分枝并具有橫隔，分生孢子從分化了的菌絲（具有厚壁的足細胞）上直立長出。分生孢子的形狀、大小、顏色和紋飾都是鑒別曲霉種的重要依據。

　　曲霉具有分解有機物質的能力。在釀造等工業中得到廣泛應用。它具有多種強活性的酶系。例如應用于釀酒的糖化菌具有液化、糖化淀粉的淀粉酶，同時還有蔗糖轉化酶、麥芽糖酶、乳糖酶等；有些菌能產生較強的酸性蛋白酶，可用來分解蛋白質或用作食品消化劑。黑曲霉所產生的果膠酶，常用于果汁澄清，柚苷酶和陳皮苷酶用于柑橘類罐頭去苦味或防止產生白色沉淀，葡萄糖氧化酶則用于食品的脫糖和除氧。

　　曲霉能產生延胡索酸、乳酸、琥珀酸等多種有機酸，其中草酰乙酸和乙酰輔酶A通過縮合成為檸檬酸在食品工業中應用較多的曲霉屬的菌有宇佐美曲霉、黃曲霉、米曲霉和黑曲霉等。這些曲霉在中國的傳統食品豆醬、醬油、白酒、黃酒中起著重要的作用。

　　地霉屬　其菌落類似于酵母，故為酵母狀霉菌。但它有真菌絲，菌絲有橫隔，成熟后菌絲斷裂成裂生孢子。裂生孢子多為長筒形，也有方形或橢圓形。一般多呈白色。地霉常見于泡菜、腐爛的果蔬以及動物糞便中。白地霉的菌體蛋白質營養豐富，可供食用或作飼料用。