鮮乳中污染的微生物有細菌、酵母和霉菌等多種類群。但最常見的而且活動占優勢的微生物，主要是一些細菌。

一)能使鮮乳發酵產生乳酸的細菌

這類細菌包括乳酸桿菌和鏈球菌兩大類，約占鮮乳內微生物總數的80％。它們可進行同型乳酸發酵，產生大量乳酸，使鮮乳均勻凝固。

1、鏈球菌類：較為常見和重要的有：乳酸鏈球菌、乳酪鏈球菌、糞鏈球菌、嗜熱鏈球菌、液化鏈球菌。

2、乳酸桿菌類：較常見的和重要的有嗜酸乳桿菌、保加亞利乳桿菌、干酪乳桿菌、短乳桿菌、發酵乳桿菌。乳酸乳桿菌等。

 

二)能使鮮乳發酵產氣的細菌

這類微生物能分解碳水化合物，生成乳酸及其它有機酸，并產生氣體(二氧化碳和氫氣)，能使牛乳凝固，產生多孔氣泡，并產生異味和臭味。

1、大腸菌群，主要有大腸桿菌和產氣桿菌，這類細菌除產酸產氣外，還能分解蛋白質，產生異味，影響乳的質量，這說明衛生方面不合格。

2、丁酸菌類，主要有丁酸梭菌、魏氏梭菌等，使鮮乳產酸產氣，其中的丁酸，氣味惡臭，所產氣體量很大，可使凝固的鮮乳裂成碎塊，形成暴烈發酵現象。

3、丙酸細菌也能使鮮乳產酸產氣，丙酸菌的發酵可使干酪形成網眼，并產生特殊的芳香風味，對干酪的品質有良好的影響。

 

三)分解鮮乳而發生胨化的細菌

這類腐敗菌能分泌凝乳酶，使酪蛋白發生凝固，然后分解，使蛋白質水解胨化，變為可溶性狀態。假單胞菌屬：分解蛋白質能力極強，可將蛋白質形成胺和氨，并產生不良氣味。液化糞鏈球菌、蠟樣芽胞桿菌、變形桿菌等使乳產酸與蛋白質分解同時進行。產堿桿菌屬、黃桿菌屬、微球菌屬等，能在低溫條件下分解蛋白質，從而使冷藏乳腐敗變質并產生苦味。

 

四)使鮮乳呈堿性的細菌

主要有糞產堿菌和粘乳產堿菌。它們分解檸檬酸鹽為碳酸鹽，而使鮮乳呈堿性反應。

 

五)引起鮮乳變色的細菌

深藍色假單胞菌：產生的色素在中性或堿性乳中呈灰色，在酸性乳中呈藍色。黃假單胞菌：產生淡黃色色素從而使乳呈黃色。粘質沙雷氏菌：在乳中純培養可引起紅乳，但通常由于其它細菌抑制該菌生長，故紅乳很少見。

 

六)鮮乳中的嗜冷菌和嗜熱菌

嗜冷菌：主要是一些熒光細菌、霉菌等。       

嗜熱細菌：主要是芽胞桿菌屬某些種和一些嗜熱性球菌等。

 

七)鮮乳中的霉菌和酵母

霉菌以酸腐節卵孢霉為最常見，其它還有乳酪節卵孢霉、多主枝孢霉、灰綠青霉、黑含天霉，異念球霉、灰綠曲霉和黑曲霉等。鮮乳中常見酵母為脆壁酵母、洪氏球擬酵母、高加索乳酒球擬酵母，球擬酵母等。

 

八)鮮乳中可能存在的病原菌

1、來自乳畜的病原菌

常見的有結核分支桿菌、副結核分枝桿菌，布氏桿菌、溶血性大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、無乳鏈球菌等。

2、來自人為因素的病原菌

傷寒沙門氏菌、副傷寒沙門氏菌、志賀菌、霍亂弧菌、白喉桿菌、猩紅熱鏈球菌、人型結核分枝桿菌等。

3、來自飼料被霉菌污染所產生的有毒代謝產物

如乳畜長期食用含有黃曲霉毒素B1的飼料，這種毒素可轉變為存在于乳中的黃曲霉毒素M1。