有性世代不明的真菌。在真菌生活史中，可以看到有性繁殖時期和只進行無性繁殖時期。進行有性繁殖的為完全型，此期為有性世代；只進行無性繁殖的為不完全型，此期為無性世代。許多未知有性世代的半知菌類進行無性繁殖產生營養孢子，有少數只有菌絲，而不能形成孢子。一些半知菌，根據其菌絲和營養孢子的特征，有的也可以歸入壺菌、接合菌、擔子菌等類群中。將半知菌歸納起來，幾乎全部可歸屬于子囊菌類。對于歸屬于半知菌類的一些種，其具有有性繁殖器官的，多被放在子囊菌的適當類群中。但也有很少數已明確是屬于擔子菌的。例如，已知一種光出芽的不完全型酵母菌，曾認為與紅酵母屬（Rhodotor－ula）同類，但與遠距離地方的種進行雜交后，發現有擔子體的形成，因而把它劃歸為黑穗病菌同類的紅冬孢酵母屬（Rhodosporidium）。根據G．C．Ainsworth和G．R．Bisby（1971）的統計，半知菌類有1825屬，約1萬5千種，如果把已記載過的全包括在內，則可達3萬種。對這類真菌現在是以形態學特征和分生孢子形成過程為基礎，來進行人為分類的。

 

 

半知菌是在子囊菌・擔子菌的同伴之中，還未發現有性繁殖階段而在分類學上位置不明的一種臨時分類。只進行無性繁殖的菌類被稱作不完全型，這一階段被稱為無性階段。進行有性繁殖的被稱為完全型，該階段被稱作有性階段，通常有性階段的菌類也是同時進行無性生殖的。日常生活中常見的霉菌大部分都處于無性階段，其中包含半知菌的比率非常高。

此外，一些無性階段很發達，有性階段已發現但不常見的子囊菌和擔子菌，習慣上也歸在半知菌中。

半知菌的分類有兩大分類系統。

半知菌的傳統分類是采用薩卡度(Saccardo)的分類系統。

按照真菌傳統的三綱一類分類法（即藻菌綱、子囊菌綱、擔子菌綱和半知菌類），半知菌都歸入半知菌類，并根據子實體或孢子果的形態分為以下4個目：

安斯沃斯[Ainsworth（1973)]現代分類系統是真菌界比較公認的真菌分類系統。該系統建立在薩卡度傳統分類系統的基礎上，雖然也以形態學為基礎，但更加注重真菌的產孢方式。

該系統根據真菌形態和產孢方式將半知菌亞門分3個綱：

半知菌亞門 Deuteromycota

芽孢綱 Blastomycetes

隱球酵母目 Cryptococcales

擲孢酵母目 Sporobolomycetales

絲孢綱 Hyphomycetes

無孢目 Agonomycetales

無孢科 Agonomycetaceae

絲核屬 Rhizoctonia

小菌核屬 sclerotium

叢梗孢目 Miniliales

叢梗孢科 Moniliaceae

粉孢屬 Oidium

叢梗孢屬 Monilia

輪枝孢屬 Verticillium

梨孢霉屬 Piricaulalia

小尾孢屬 Cercosporella

葡萄孢屬 Botrytis

暗色孢科 Dematiaceae

黑星孢屬 Fusicladium

枝孢屬 Cladosporium

尾孢屬 Cercospora

長蠕孢屬（蠕蟲孢屬）] Helminthosporium -本屬現在另分為以下三屬

平臍蠕孢屬（離蠕孢屬） Bipolaris

內臍蠕孢屬（德氏霉屬） Drechslera

突臍辱孢屬 Exserohilum

鏈格孢屬 Alternaria

褐孢霉屬 Fulvia Ciferri

束梗孢目 Stilbellales

束梗孢科 Stilbellaceae

擬棒束孢屬 Isariopsis

瘤座孢目 Tuberculariales

瘤座孢科 Tuberculariaceae

赤霉屬 Gibberella

赤殼屬 Calonectria

叢赤殼屬 Nectria

菌寄生屬 Hypornyces

腔孢綱 Coelamycetes

黑盤孢目 Melanconiales

黑盤孢科 Melanconiaceae

痂圓孢屬 Sphaceloma

炭疽菌屬 Colletotrichum

盤二孢屬 Marssonina

球殼孢目 Sphaeropsidales

莖點霉屬 Phoma

大莖點霉屬 Macrophoma

擬莖點霉屬定Phomopsis

葉點霉屬 Phyllosticta

殼囊孢屬 Cytospora

色二孢屬 Diplodia

殼二孢屬 Ascochyta

殼針孢屬 Septoria

根據國際命名法規，每一個生物的種只能有一個合法的學名。但是，一部分子囊菌和擔子菌的無性階段被歸入半知菌，有性階段又被劃入子囊菌門或擔子菌門中，導致同一個真菌種被交叉劃分在不同的單元中，同一個種有兩個學名。因此，1992年在美國俄勒岡州ニューポート召開的ホロモルフ會議決定廢除半知菌亞門這一分類。然而現在許多菌類暫時還沒有發現有性階段，或者有性階段很少見，或者人們更習慣使用無性階段的學名時，同時使用無性階段和有性階段的兩個學名依舊是普遍現象。

隨著分子遺傳學研究的深入，今后也許用不著發現菌類的有性階段，也能夠根據遺傳學特征直接判斷其分類歸屬。