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病毒RNA傳統提取方法



錄入時間:2010-10-28 10:35:51 來源:生命經緯

一、細胞的裂解

1、單層細胞的裂解

a)吸出培養液,以7ml用冰預冷的無鈣鎂離子磷酸緩沖鹽溶液PBS沖洗細胞培養皿內的單層細胞,重復1次,將平板置于冰上直至所有單層細胞沖洗完畢。也可將平板放在一塊鋁板上,再將鋁板置于冰盤上。

b)直徑為90mm的培養皿需加0.5ml RNA提取緩沖液,并使之遍布整個平板的表面。(RNA提取緩沖注液配方:0.14mol/L NaCl1.5mmol/L MgCl210mmol/L Tris.Cl(pH8.6)0.5NP-401mmol/L二硫蘇糖醇(DTT),100單位/ml RNA酶抑制劑或20mmol/L氧釩核糖核苷復合物。)

c)加0.5ml蛋白酶消化緩沖液,用刮棒混勻粘稠狀裂解物并將其刮到平板的邊緣。(蛋白酶消化緩沖液配方:0.2mol/L Tris.Cl(pH8.0)25mmol/L EDTA(pH8.0)0.3mol/L NaCl2 SDS

d)用裝有21號針頭的皮下注射器抽吸細胞裂解物,再將其注入聚丙烯管內。重復34次,剪切DNA

e)加蛋白酶K至終濃度為200μg/ml,充分混勻后置于37溫育30分鐘。蛋白酶K以貯存液的形式保存,貯存液為20mg/ml蛋白K溶液。

2、懸浮培養的細胞或組織單細胞懸液的裂解

a)于42000g離心5分鐘收集細胞,以10倍體積用冰預冷的無鈣鎂離子磷酸緩沖液懸沉淀,洗滌細胞3次,每次均用大口徑的吸管輕輕吹打細胞沉淀,使其徹底分散。

b)估計細胞沉淀的體積,用10-20倍體積的RNA提取緩沖液重懸之。

c)加入與步驟b)所加RNA提取緩沖液體相同的蛋白酶消化緩沖液,用振蕩器迅速混勻。用裝有21號針頭的皮下注射器抽吸細胞裂解物,再將其注入聚丙烯管內。重復34次,剪切DNA

d)加蛋白酶K至終濃度為200μg/ml,充分混勻后置于37溫育30分鐘。蛋白酶K以貯存的形式保存,貯存液為20μg/ml蛋白酶K水溶液。

二、提取步驟

1、用等體積酚:氯仿抽提1次,以去除蛋白質。

2、用吊桶式轉頭于室溫以5000g離心10分鐘使水相與有機相分相, 將水相吸至一個新的離心管內,加2.5倍體積用冰乙醇,充分混勻, 0放置1小時。

3、于45000g離心10分鐘沉淀RNA,棄上清,用含0.1mol/L乙酸鈉(pH5.2)的70%乙酸洗滌沉淀,用自動微量移液器盡可能將乙醇吸盡, 隨后于室溫放置幾分鐘,晾干沉淀。切勿抽干沉淀,因為干的核酸沉淀很難溶解。

4、每個直徑為90mm的培養皿或每107細胞加200μl 50mmol/L Tris.Cl(pH7.8)1mmol/L EDTA(pH8.0)溶液重溶沉淀。

5、分別按10mmol/L0.1mmol/L的深度加MgCl2和二硫蘇糖醇(DTT),然后分別按1000單位/10mmol/L 的終深度加臺盤RNA酶抑制劑或氧釩核苷復合物。

6、加入無RNA酶的胰DNAI至終濃度為2μg/ml,混勻,于37溫育60分鐘。

7、分別按10mmol/L0.2%的終濃度加EDTASDS

8、用等體積酚:氯仿抽提1次。

9、于室溫以5000g離心10分鐘使水相與有機相分相, 將水相吸至另一個離心管內,加3mol/L乙酸鈉(pH5.2)至終濃度為0.3mol/L,加2.5倍體積用冰預次的乙醇,充分混勻,冰浴放置2小時。

10、用微量離心機于412 000g離心5分鐘沉淀RNA

11、吸出所有的乙醇,將打開管蓋的離心管在實驗臺放置幾分鐘,讓最后殘存的痕量乙醇揮發干凈。

12、用200μl TEpH7.6)重溶沉淀,加500μl乙醇,于-70 貯存備用。回收DNA時,只須取出1小份貯存液,加入3mol/L乙酸鈉(pH5.2 )至終濃度為0.3mol/L,充分混勻,用微量離心機于412 000g離心5分鐘即可。

三、注意事項

1、測定最終所得溶液的OD260值可以確定RNA的濃度。取10μl乙醇/TE混合液離心沉淀RNA,以400水重溶,測定OD260值,OD2601RNA溶液每毫升約含40μg RNA

2、如果需要,可用oligo(dT)-纖維素層析法從所制備的細胞總RNA中純化無寡脫氧核糖核苷酸污染的mRNA或購買試劑盒進行mRNA的純化。

3、某些情況下(例如從感染了DNA病毒或用DNA轉染的細胞中制備RNA時),必須從細胞總RNA中去除寡脫氧核核苷酸。否則,當用這種RNA構建cDNA庫或進行引物延伸反應時應會出問題,反轉錄過程中法染的模板DNA片段可能會與RNA雜交而充當引物,從而導致物定mRNA5'末端定位的錯誤或產生截短的cDNA克隆。

a)步驟12后,加200μl 3mol/L乙酸鈉(pH5.2),用自動微量移液器反復吹吸,以重懸核酸沉淀,將懸浮液移至另一個滅菌的微量離心管內。

b)用微量離心機于室溫以12,000g離心10分鐘,RNA沉于管底,而絕大部分寡脫氧核糖核苷酸仍在上清中。

c)棄上清液,用200μl TEpH7.6)重溶沉淀。加入20μl 3mol/L乙酸鈉(pH5.2),分混勻,加入550μl用冰預冷的乙醇。混勻溶液,在冰上驟冷30分鐘。用微量離心機于412000g離心10分鐘,以回收RNA。小心吸出上清。

d)棄上清液,用300μl TEpH7.6)重溶沉淀,加1ml乙醇,-70貯存備用。

回收RNA時,只需取出1小份貯存液,加3mol乙酸鈉(pH5.2)至終濃度為0.3mol/L充分混勻,用微量離心機于412 000g離心5分鐘即可。如需去除氧釩核糖核苷復合物,用含0.1%羥喹啉的苯酚[0.01mol/L Tris.Cl(pH7.8)平衡]RNA終溶液抽提數次即可。

 

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