超聲破碎的條件一般是300w，10s/10s，20分鐘，具體條件可根據自身情況而定。
超聲前菌體的準備：菌液離心后，先用PBS將菌沉淀洗2-3遍，然后按原菌液體積的1/5-1/10加入裂解液重懸菌體，裂解液的成分：50mMTris-HCl, pH8.0, 2mM EDTA，100mM NaCl，加溶菌酶至100ug/ml，0.1%Triton X-100。切記冰浴超聲！

如何判斷是否超聲完全：根據網友的經驗，一般有以下幾個方面：

1，  外觀判斷：超聲前菌懸液是渾濁的，超聲完全后變的透明、清澈。

2，  液體的粘滯性：超聲后菌液從槍頭滴下不粘連。 

3，高速離心：有用高速離心檢測超聲破碎程度的（一般用6,000 g 10 min, 比一般離心收集菌體的轉速高一點）。 沉淀是未破碎或破碎不完全的菌體。
4，染色：破碎后的菌液涂片，革蘭氏結晶紫溶液染色0.5分鐘，鏡檢。
超聲后加入核酸酶消除核酸對蛋白的污染。
一些需要注意的問題：
1??，蛋白以包涵體形式表達，追求的是高破碎率，要求細胞碎片很小，而另一種蛋白是可溶形式表達，所以細胞碎片不能很小，兩種情況要求不同但目的相同，都是便于后期的固液分離。
2，如果超聲時出現黑色沉淀，說明超聲功率太強。
3，超聲時間太長、功率太高對蛋白活性肯定有影響。
4，盡量防止泡沫的產生。