菌株分離（separation）就是將一個混雜著各種微生物的樣品通過分離技術區分開，并按照實際要求和菌株的特性采取迅速、準確、有效的方法對他們進行分離、篩選，進而得到所需微生物的過程。菌株分離、篩選（screening）雖為兩個環節，但卻不能絕然分開，因為分離中的一些措施本身就具有篩選作用。工業微生物產生菌的篩選一般包括兩大部分：一是從自然界分離所需要的菌株，二是把分離到的野生型菌株進一步純化并進行代謝產物鑒別。

在實驗工作中，為使篩選達到事半功倍的效果，總的說來可從以下幾個途徑進行收集和篩選：

（1）向菌種保藏機構索取有關的菌株，從中篩選所需菌株。

（2）由自然界采集樣品，如土壤、水、動植物體等，從中進行分離篩選。

（3）從一些發酵制品中分離目的菌株，如從醬油中分離蛋白酶產生菌，從酒醪中分離淀粉酶或糖化酶的產生菌等。該類發酵制品經過長期的自然選擇，具有悠久的歷史，從這些傳統產品中容易篩選到理想的菌株。