Ⅱ級A1型生物安全柜內置風機將房間空氣（供給空氣）經前面的開口引入安全柜內并進入前面的進風格柵。在正面開口處的空氣流入速度至少應該達0.38 m/s。然后，供氣先通過供風HEPA過濾器，再向下流動通過工作臺面。空氣在向下流動到距工作臺面大約6～18 cm處分開，其中的一半會通過前面的排風格柵，而另一半則通過后面的排風格柵排出。所有在工作臺面形成的氣溶膠立刻被這樣向下的氣流帶走，并經兩組排風格柵排出，從而為實驗對象提供最好的保護。氣流接著通過后面的壓力通風系統到達位于安全柜頂部、介于供風和排風過濾器之間的空間。由于過濾器大小不同，大約70%的空氣將經過供風HEPA過濾器重新返回到生物安全柜內的操作區域，而剩余的30%則經過排風過濾器進入房間內或被排到外面。
　　Ⅱ級A1型生物安全柜排出的空氣可以重新排入房間里，也可以通過連接到專用通風管道上的套管或通過建筑物的排風系統排到建筑物外面。
　　安全柜所排出的經過加熱和∕或冷卻的空氣重新排入房間內使用時，與直接排到外面環境相比具有降低能源消耗的優點。有些生物安全柜通過與排風系統的通風管道連接，還可以進行揮發性放射性核素以及揮發性有毒化學品的操作。

 

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