微生物檢測實驗室離不開對標準菌種以及所檢測的菌種進行各種處理，如轉接種、制備、鑒定、保藏和進行方法學驗證；或對培養基靈敏度檢查及陽性對照用菌株的接種以及抗生素效價測定用菌種的制備等；或必要時對樣品中檢出的或從潔凈環境中分離到的微生物進行分類鑒別，此外有些實驗還要自制生物指示劑。這些主體活動就直接要接觸處理微生物菌種，如果菌種控制或操作不當，會導致實驗室環境污染或菌種間交叉污染。因此，菌種處理和微生物鑒別室必須與其他的微生物檢查用潔凈室嚴格分開。通常應是由1個半無菌操作間和1個緩沖間組成的無菌室設施。室內安裝滅菌紫外燈。按實驗微生物性質的需要保持對該室的相對正壓或相對負壓。半無菌操作室的潔凈度要求為10000級，凈化層流臺作為操作時的局部要求為100級潔凈度，必要時，可改用生物安全柜 內進行，有關微生物暴露性操作活動盡可能在生物安全柜內進行。菌種處理和微生物鑒別室的環境檢測及使用管理的要求與潔凈室的基本要求相同。每次試驗結束后要對無菌室、層流臺或生物安全柜及整個實驗室環境進行消毒，人員離開 后，打開紫外燈消毒。所有與菌種相關的試驗廢棄物均應經過滅菌處理（在121℃下處理30min以上）后方可丟棄。
使用管理中應注意制定與菌種處理相關的標準操作規程。此外，還包括生物安全柜的使用標準操作規程、帶菌廢棄物的處理標準操作規程 以及環境消毒等的標準操作規程。
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