當一個重組菌構建完成后，重組菌的生理代謝和培養條件就成為影響目的基因表達效率的重要因素。重組菌不僅要維持菌體的正常生長而且還要表達外源基因，因此重組菌存??在能量分流現象，從而限制了重組菌的高密度培養；重組菌中表達的目標蛋白是宿主細胞的異源物質，往往對細胞存在一定程度的毒性，而且在細胞培養過程中亦會積累乙酸等抑制性有機酸，這些抑制性物質將會嚴重抑制細胞生長和目的基因的高表達。

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