抗病毒抗生素的經典篩選方法基于是否能夠抑制受病毒粒子感染的細胞單層上形成裂解噬菌斑。具體方法如下：將受新城（New castle）病病毒感染的雞胚胎成纖維細胞懸浮液涂在瓊脂平板上，上面覆蓋一張浸漬了試驗樣品的濾紙，將平板進行培養并用中性紅染色，如果細胞被??染色，說明具有抗病毒活性。抗微生物病毒的抗生素也用類似的方法篩選，只是用細菌和DNA或RNA噬菌體作作為試驗體系。隨著病毒酶的發現，現在已開始應用目標更明確的篩選方法。一個典型的例子是日本國立健康研究所篩選逆轉錄病毒的逆轉錄酶抑制劑時所采用的方法，他們利用poly（dT）poly（A）共聚物作為模板，測定被鼠白血病病毒蛋白催化的DNA合成，用這種方法他們篩選得到了逆轉錄酶的抑制劑——制逆轉錄酶素Revistin。在進行這類篩選工作時，需要注意的是必須避免體系中存在蛋白酶，否則會得到錯誤的信息，因此在試驗前要加熱到到100℃使蛋白酶失活。重組DNA技術的發展為將病毒蛋白克隆到細菌細胞并大量表達提供了方便，這對于抗病毒抗生素的篩選創造了有利條件。抗逆轉錄酶抑制劑、HIV病毒蛋白酶抑制劑及病毒蛋白與細胞受體的競爭鍵合劑等都是篩選的目標。

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