用于丙酮/丁醇發酵的微生物都屬于梭狀芽孢桿菌 (Clostridium)，比較典型的有：C.acetobutylicum，C.??toanum, C.sacchrobutyla?cetonicum-liquefaciens, C.celeri factor及C.madisonii等。它們的共同特點是都屬于厭氧菌，都能夠形成真正的孢子，而且具有很強的生命力。最適溫度和pH值分別為26～32°C及pH5.4～6.0。當以葡萄糖為碳源時，首先經EMP途徑形成乙酰輔酶 A，一部分脫羧生成丙酮，另一部分則還原形成丁醇。事實上，除了丙酮/丁醇外還會產生其他有機酸和醇類。梭狀芽孢桿菌發酵時還會產生CO₂及 H₂等氣體產物。三種梭狀芽袍桿菌發酵產物的分布見表6.3.7。

從表中數據可以看到，丙酮丁醇梭狀芽孢桿菌(C.acetobutylicum)是最好的丙酮/丁醇生產菌種。在丙酮/丁醇發??酵過程中，產物（特別是丁醇）對微生物的生長存在著嚴重的抑制作用，以至于發酵液最終的總溶劑濃度?只有約20g/L。產物中丙酮/丁醇的比例受到發酵溫度、發酵速率及氮源的影響，當發酵溫度為32°C、高稀釋率及硫酸銨為氮源時有利于提高丁醇的產率。

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