微生物發酵常因菌種和產品不同而有所不同，但一般過程都基本相同，通常包括菌種制備、原料處理、接種培養、發酵控制和產品提取等環節。 
1、菌種制備 
   菌種是發酵工業之母，沒有菌種，就談不上微生物發酵。菌種一般分保藏菌種、搖瓶（茄子瓶等）菌種和種子罐菌種。保藏菌種是發酵生產的備用菌種，一般放在低溫干燥狀態下保存。保藏菌種進入生產接種之前，首先接入斜面進行活化，使菌種從休眠狀態轉為正常代謝狀態。用于活化的培養基一般營養豐富、易于吸收，有利于菌種的生長繁殖。活化后的菌種再進行擴大，將其接人搖瓶（茄子瓶等）中進行培養，此時所用的培養基 比保藏菌種用培養基更粗放，更經濟。搖瓶種子進一步擴大，接人種子罐進行培養。種子罐培養基比較接近發酵罐所用培養基成分，目的是讓菌種進一步適應發酵培養基的環境。種子罐種子培養好以后可適時進行大罐（通風 曲室）接種。 
2、原料處理 
   發酵原料來源豐富，成分粗放，狀態不一，通常不能直接為微生物所利用，因而要進行預處理，才能作為微生物發酵用的培養基的成分。發酵原料一般要經過篩選、粉碎、蒸煮或水解后，再加上其他有關物質配制成發酵培養基。 
3、接種培養 
   發酵培養基配制好以后，進行滅菌。待其冷卻后，適時進行接種。接種要保證在無菌條件下進行，以防污染。無菌接種是發酵成敗的關鍵。 
4、發酵控制 
   菌種接好后，提供必要的生長條件，菌體開始生長繁殖，進行新陳代謝，發酵累積代謝產物。必要的生產條件包括培養溫度、氧氣需求、pH指標、營養成分補充和泡沫消除等。所有這些條件要經常觀察、記錄、分析、改進，以保證發酵生產正常進行。在發酵過程中，還要經常觀察菌體的形態變化，測定代謝產物的積累情況，以決定放罐的最佳時間，進行收獲。
5、產品提取 
   發酵過程一旦完成，及時進行產品提取。根據不同的產品，采取不同的方法進行分離純化，以求獲得最高的產量和最好的質量。提取的方法一般有物理法（如過濾、離心、干燥等）、化學法（吸附、蒸餾、層析、離子交換等）和生物法等。 

 

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